A lesão observada na tomografia computadorizada foi curetada, obtendo-se abundantes fragmentos de tecido neoplásico relativamente homogêneo nas diversas áreas examinadas.  Consistiam de tumor lembrando tecido cartilaginoso, constituído por células de contorno irregular embutidas em matriz amorfa basófila. 

as células neoplásicas tinham citoplasma claro e vacuolado ou bolhoso (denominado fisalíforo, do grego physalis, bolha).  Em muitas, o citoplasma era escasso, e o núcleo estava fora do plano de corte. Não raro as células adotavam arranjo cordonal ou em blocos, lembrando epitélio.

Em alguns fragmentos, havia espículas de tecido ósseo, aparentemente isoladas pela ação lítica do tumor. Algumas continham medula óssea funcionante. Ver Ki-67. Para exames de imagem deste caso, clique. 

Esta técnica combina a  reação histoquímica do PAS para grupos açúcar com o azul de Alcian, um corante para mucinas ácidas (pH 2,5). As células do cordoma contêm glicogênio, que é fortemente PAS-positivo, e aparecem em lilás ou magenta, contrastando com a matriz corada pelo Alcian blue em turquesa. Ajuda a evidenciar a arquitetura cordonal do tumor.  Para procedimento técnico, clique (1) (2). 

Notar que os grandes vacúolos claros não se coram. Poderiam representar glicogênio que dissolveu-se no fixador formol a 10%, que é aquoso.  Para fixação ideal deveria ser usado álcool absoluto, onde o glicogênio é insolúvel.