As células do subependimoma têm núcleo regular, arredondado, com cromatina bem distribuída e mais concentrada na periferia. O citoplasma é escasso e forma uma orla ao redor do núcleo. São comuns agrupamentos de corpos celulares lado a lado, com extenso contato entre suas membranas plasmáticas. 

Em algumas células, observam-se no citoplasma corpúsculos eletrodensos arredondados, de tamanho variável, interpretados como grânulos de lipofuscina. Têm origem em  lisossomos que degradam estruturas de difícil digestão, e geralmente são encontrados em células velhas que não se dividem. 

Em algumas células o citoplasma é mais abundante e eletrolucente, com organelas mais espaçadas. Ao lado, duas células com este aspecto, em contato através das membranas plasmáticas de seus corpos celulares, que não mostram  especializações juncionais. 

Esta coleção de pequenas estruturas císticas delimitadas por membranas situa-se no espaço extracelular entre duas células vizinhas. Os perfis lembram, mas não correspondem exatamente a microvilos ou cílios, que não foram encontrados em nenhum lugar deste subependimoma. Microvilos e cílios são achado corriqueiro nos ependimomas comuns, clique para exemplos (1) (2) (3) (4).

As células demonstradas têm limites citoplasmáticos nítidos, e suas membranas são unidas por junções do tipo adherens. Mais exemplos abaixo. 

Núcleos que aparecem muito próximos na microscopia óptica podem pertencer a duas células com corpos celulares apostos. As membranas das células vizinhas freqüentemente exibem especializações juncionais do tipo adherens. 

A maior parte do tumor é formada por um emaranhado de prolongamentos das células neoplásicas quase justapostos, com escasso espaço extracelular.  Constituem um 'neurópilo', análogo ao do córtex cerebral, mas sem sinapses.  Alguns prolongamentos têm conteúdo floconoso eletrolucente, mas muitos contêm filamentos intermediários, semelhantes às fibrilas gliais habitualmente encontradas em astrócitos e células ependimárias. 

Os prolongamentos celulares vistos em abundância são todos limitados por suas respectivas membranas plasmáticas, indicando tratar-se de células viáveis.  A presença das membranas em praticamente todos os perfis também indica boa fixação do tecido.