Cerca de 40% dos linfomas se iniciam fora dos linfonodos e o TGI é a localização mais comum nestes casos. Linfomas chegam a constituir cerca de 5% dos tumores malignos do estômago (os outros sendo adenocarcinomas) e se assemelham aos de intestino. Originam-se de linfócitos B do tecido linfóide associado à mucosa (mucosa-associated lymphoid tissue ou MALT).  Por definição, nos linfomas primários do TGI não há acometimento do fígado, baço ou medula óssea quando do diagnóstico, embora envolvimento dos linfonodos regionais possa já ocorrer. A localização preferencial dos linfomas MALT é no estômago (55-60%), seguindo-se o intestino delgado (25-30%), cólon proximal (10-15%) e distal (<10%).

            A principal importância dos linfomas primários do TGI está em que podem se comportar como tumores focais na sua fase inicial e, portanto, ser passíveis de remoção cirúrgica. Nisto diferem dos linfomas originados em linfonodos. Também, recidivas podem ficar restritas ao TGI. Por isso, seu prognóstico é melhor que o dos linfomas primários de linfonodos. A sobrevida de 10 anos para pacientes com doença limitada à mucosa e submucosa é atualmente de 85%.  Há associação de linfomas gástricos com infecção por Helicobacter pylori, que aumenta a população de células inflamatórias na mucosa gástrica. Linfomas MALT também diferem de linfomas de outros locais por apresentarem mutações genéticas praticamente exclusivas. 

            Macroscopicamente, a tendência é que a lesão inicial se apresente como espessamento em placa da mucosa e submucosa gástricas, onde está situado em grande parte o tecido linfóide. Segue-se infiltração difusa das camadas, com espessamento esbranquiçado da parede, borramento e eventual perda das pregas da mucosa. Clinicamente, os sintomas são vagos e insidiosos, como fraqueza, inapetência e perda de peso. Há diminuição da motilidade gástrica, podendo ocorrer perda de sangue, obstrução ou perfuração. Esta pode seguir-se à necrose secundária a quimioterapia.