As principais alterações na pielonefrite crônica estão no interstício renal. Nota-se intenso infiltrado inflamatório crônico inespecífico difuso, em meio a marcada atrofia dos túbulos, que são de difícil identificação em muitas áreas.  Outro componente do processo inflamatório são os folículos linfóides com centros germinativos em atividade, que lhes dão tonalidade mais clara.  Para saber mais sobre folículos linfóides em atividade clique aqui.