Observam-se na traquéia os dois tipos de lesão habitualmente causadas pelo fungo Paracoccidioides braziliensis: microabscessos e granulomas. Este parasita tende a atrair muitos neutrófilos e abscessos são comuns, sendo encontrados na submucosa e até no próprio epitélio metaplásico. Costuma-se dizer que na blastomicose sulamericana (o outro nome da paracoccidioidomicose) predomina a reação supurativa. Em meio aos neutrófilos é possível observar o parasita. Este porém é encontrado mais facilmente no citoplasma de células gigantes, onde se destaca como corpúsculos basófilos com membrana clara e de duplo contorno. Às vezes é possível observar o brotamento múltiplo, o meio de reprodução dos fungos, também chamado de criptoesporulação. Este porém só é visto facilmente em colorações especiais, como o método de Grocott de impregnação pela prata (para isso, clique em banco de imagens). Há duas imagens consideradas características: o brotamento duplo em 'cabeça de Mickey' e o múltiplo em 'roda de leme' (este de observação mais difícil). Porém, clique para um caso excepcional pela quantidade de fungos em divisão. 

As células gigantes são as principais constituintes dos granulomas e podem ser encontradas também nos microabscessos. Há em geral poucas células epitelióides. 

No linfonodo as lesões são semelhantes às da traquéia. É interessante comparar com o linfonodo na tuberculose (lâmina A. 63) para ver as diferenças entre as lesões causadas pelos dois agentes. Na blastomicose não costuma haver, por exemplo, necrose caseosa, habitual na tuberculose. Na tuberculose é incomum a formação de abscessos, e a célula que mais participa nas lesões é o macrófago, não o neutrófilo.