Tiróide mostrando, em pequeno aumento,  intenso infiltrado linfocitário formando folículos linfóides com centros germinativos. Grande parte da área do corte é constituída por reação inflamatória. 

 
Em aumento maior,  os folículos são atróficos e contêm pouco ou nenhum colóide.  O aspecto tem semelhanças com a doença de Graves (ver quadro anterior), e pode até ser confundido com aquela.  As diferenças são que na tiroidite de Hashimoto o infiltrado é mais intenso, as células foliculares são menores e não têm aspecto sugestivo de hiperatividade funcional. 

        A tiroidite de Hashimoto, como a doença de Graves, tem  mecanismo autoimune. Como todas as doenças da tiróide, predomina em mulheres (10:1 a 20:1). Ocorre geralmente na meia idade. Contudo, ao contrário da doença de Graves, causa hipotiroidismo, por destruição dos folículos tiroidianos pela reação imune. É a causa mais comum de hipotiroidismo em regiões onde não falta iodo. 
        Macroscopicamente, há moderado aumento difuso da glândula, que assume cor branco-acinzentada, devido ao predomínio do infiltrado inflamatório. 
        A reação autoimune estimula tanto a formação de anticorpos contra vários antígenos tiroidianos, como a destruição de células foliculares por linfócitos T citotóxicos (mecanismos de imunidade humoral e celular).