Peças cirúrgicas, depois de fixadas em formol, têm as margens cirúrgicas pintadas com tinta nanquim antes de serem recortadas para processamento histológico.  A tinta deve ser usada na concentração original. É pincelada sobre as margens e deixada secar livremente ou sob um ventilador por alguns minutos. O objetivo é marcar claramente as margens da peça para que sejam reconhecíveis na lâmina como uma linha preta. Com isso é possível verificar se restou tumor na margem. Se há tumor na margem, significa que ficou tumor no paciente e é necessário reoperar ou concentrar a radioterapia naquele local. Fala-se que a margem cirúrgica está comprometida. Se não há, fala-se em margens cirúrgicas livres. Esta informação é da maior importância para previnir recidivas. 

            O nanquim define se a borda do corte vista na lâmina corresponde realmente à borda do fragmento. É comum que, ao tirar os cortes no micrótomo, o bloco não tenha sido suficientemente desbastado para atingir toda a superfície do material. Pode haver tumor na borda do corte sem que isto signifique  tumor na borda do fragmento. Se houver tumor na borda do corte e o tumor estiver pintado, pode-se dizer com segurança que a margem está comprometida. Peças maiores vêm freqüentemente marcadas com reparos como fios ou botões coloridos para orientar o patologista sobre  as margens (superior, inferior, direita, esquerda, etc).