IVº ventrículo: cavidade do rombencéfalo, situada entre o bulbo e a ponte ventralmente e o cerebelo, dorsalmente. Continua-se cranialmente com o aqueduto cerebral e caudalmente com o canal central do bulbo. Seu conteúdo é o líquor. Apresenta os recessos laterais, expansões laterais da cavidade que contêm plexo coróide. 

Colículo inferior (na placa quadrigêmea): via auditiva. Recebe o lemnisco lateral e envia para o tálamo, para o corpo geniculado medial (núcleo geniculado medial) através do braço do colículo inferior.

Colículo superior (na placa quadrigêmea): relacionado aos movimentos dos olhos e atenção visual, recebe fibras do trato óptico através do braço do colículo superior.

Comissura anterior: comissura telencefálica, interconecta partes dos lobos temporais e algumas fibras olfatórias.

Comissura posterior: fibras do teto do mesencéfalo que cruzam para o núcleo de Edinger-Westphal (parte eferente visceral do núcleo do oculomotor) contra-lateral. Envolvido no reflexo consensual ou fotomotor indireto.

Corpo caloso: formação do telencéfalo; comissura que conecta os dois hemisférios cerebrais. Curva-se em arco e descrevem-se as seguintes partes, de posterior para anterior: esplênio, tronco, joelho e rostro.

Corpo mamilar: formação do hipotálamo, contém os núcleos mamilares e faz parte de conexões do sistema límbico. Através do fascículo mamilo-talâmico projeta para o núcleo anterior do tálamo.

Decussação do pedúnculo cerebelar superior: fibras eferentes do cerebelo que cruzam o plano mediano no mesencéfalo.

Fascículo longitudinal medial: feixe de associação dos núcleos motores do tronco encefálico.

Fascículo mamilo-talâmico: feixe que se origina nos corpos mamilares para o núcleo anterior do tálamo. Faz parte de conexões do sistema límbico.

Fissura transversa do cérebro: fissura situada abaixo do fórnix e corpo caloso e acima da face superior do tálamo, que contém pia-máter e plexo coróide do teto do IIIº ventrículo.

Fórnix: feixe eferente da formação hipocampal que se dirige para os corpos mamilares, área septal e núcleo anterior do tálamo. Seu nome deriva do latim, “arco”, por se curvar através do sistema ventricular lateral. Descrevem-se as seguintes partes: perna, corpo e coluna.

Fossa interpeduncular: depressão situada anteriormente na linha média do mesencéfalo, entre as bases dos pedúnculos cerebrais.  Por aí penetram vasos que nutrem o mesencéfalo, ramos da A. basilar e Aa. cerebrais posteriores.

Glândula pineal: situada no epitálamo, glândula endócrina envolvida no ciclo reprodutivo.

Hipotálamo: assoalho do diencéfalo, divide-se em partes pré-óptica, tuberal e mamilar.

Lemnisco medial: feixe de fibras sensitivas que levam ao tálamo (núcleo ventral póstero-lateral – VPL) impulsos provenientes dos fascículos/núcleos grácil e cuneiforme, relacionados ao tato epicrítico, propriocepção consciente e sensibilidade vibratória. No mesencéfalo, as fibras do lemnisco medial situam-se em um eixo medial-lateral.

Nervo oculomotor:  IIIº par de nervo craniano, com fibras eferentes somáticas para a maioria dos músculos extrínsecos do globo ocular e fibras eferentes viscerais pré-ganglionares parassimpáticas para o gânglio ciliar e deste, para os músculos ciliar e esfíncter da pupila.

Núcleo caudado: núcleo telencefálico, participa dos circuitos dos núcleos da base envolvidos com o controle motor dos movimentos do globo ocular (corpo do caudado) e com funções cognitivas (cabeça do caudado).

Núcleos grácil e cuneiforme: núcleos sensitivos que recebem os axônios dos fascículos grácil e cuneiforme. Dão origem às fibras arqueadas internas que cruzam o plano mediano (decussação sensitiva) e infletem-se cranialmente para formar o lemnisco medial.

Núcleos do grupo anterior do tálamo: o núcleo anterior do tálamo participa de conexões do sistema límbico, com aferências dos corpos mamilares (fascículo mamilo-talâmico) e formação hipocampal e eferência para o giro cíngulo.

Núcleo olivar: corresponde à “oliva” da anatomia macroscópica. Faz parte de circuitos cerebelares e origina as fibras olivo-cerebelares que cruzam o plano mediano (também fazem parte das fibras arqueadas internas) e penetram no cerebelo pelo pedúnculo cerebelar inferior.

Núcleos pontinos: núcleos dispersos na base da ponte. Seus axônios constituem as fibras transversas da ponte (fibras pontinas ou ponto-cerebelares), que cruzam o plano mediano e penetram no cerebelo pelo pedúnculo cerebelar médio. Os núcleos pontinos participam da via córtico-ponto-cerebelar.

Núcleo rubro: recebe fibras do cerebelo (núcleo denteado), envia fibras para o núcleo olivar inferior e origina as fibras do trato rubro-espinal.

Núcleos vestibulares: núcleos sensitivos que recebem os prolongamentos centrais dos neurônios bipolares do gânglio vestibular (de Scarpa), que constituem a porção vestibular no nervo vestíbulo-coclear. Relaciona-se a via vestibular. Os núcleos vestibulares também originam o trato vestíbulo-espinal, relacionado ao controle dos motoneurônios do grupamento medial da coluna anterior da medula espinal (musculatura axial), para manutenção da postura e equilíbrio.

Pedúnculo cerebelar superior: fibras eferentes do cerebelo, que cruzam o plano mediano no mesencéfalo (decussação dos pedúnculos cerebelares superiores).

Plexo coróide: estrutura ricamente vascularizada formada por pia-mater e por células especializadas derivadas do epêndima, que produzem líquor.

Pulvinar do tálamo: núcleo talâmico (grupo posterior), principal aferência do teto mesencefálico e eferências para o córtex de associação parieto-occipito-temporal. Sugere-se que esteja envolvido na organização de comportamentos direcionados a estímulos visuais de interesse.

Quiasma óptico: formação da via óptica. Cruzamento das fibras da metade nasal da retina.

Substância perfurada posterior.  Região da fossa interpeduncular por onde penetram pequenos vasos perfurantes responsáveis pela nutrição do mesencéfalo (ramos da A. basilar e Aa. cerebrais posteriores). 

Tálamo: formação do diencéfalo, contém núcleos divididos em grupos (anterior, medial, posterior, lateral, mediano), relacionados a funções motoras, sensitivas e límbicas.

Trato óptico: formação da via óptica. Conjunto de fibras cruzadas e não cruzadas da retina que se dirigem ao tálamo, para o corpo geniculado lateral.

Trato piramidal (córtico-espinal): feixe de fibras motoras que se originam, em sua maioria, nas áreas motoras do córtex cerebral (área 4 de Brodmann), no giro pré-central.

Ventrículo lateral: cavidade do telencéfalo. Descrevem-se as seguintes partes: cornos anterior, posterior e inferior.

Vérmis cerebelar: porção mediana ímpar do cerebelo.